聖人於1182年，在意大利亞西西，出生於一個布匹富商之家。他少年時期生活輕浮，追求享受和逸樂。從軍被俘，獲釋後，又大病一場，期間反省祈禱，回頭改過，熱心於賙濟窮人，使他的父親非常不滿。聖人終在主教面前，與父親立下筆據，捨棄遺產，並把衣服脫下，送還父親，全心獻身於天主，實踐福音聖訓，度貧窮的生活，與窮人為伍。聖人用極嚴謹清苦的生活，針對社會和教會崇尚奢華的惡習。
相傳聖方濟在殘破的聖達彌盎堂祈禱時，十字架上的耶穌，召叫他重修他的殿宇，於是，他重修了聖達彌盎堂，後來才了解是耶穌邀請他，以神貧生活振興教會。
1208年，聖方濟在祈禱中，聽到瑪竇福音所說：「你們在路上，應宣講說：天國臨近了，病人，你們要治好；……痳瘋病人，你們要潔淨；……你們不要在腰帶裡備下金、銀、銅錢；也不要帶兩件內衣。……當人把你們交出時，你們不要思慮：怎麼說……你們父的聖神在你們內說話」（參閱瑪10:7-10, 19-20）。於是，便開始向民眾宣講天主的仁愛。1209年，他召集同道，編寫了簡單的生活規則，互相砥礪。1210年，他把簡單的會規，呈請教宗依諾森三世（1198-1216）批准，教宗起初猶疑不決，但在夢中，見聖人托起要坍塌的拉特朗大殿，遂批准聖人的會規；於是，聖人創立的小兄弟會（今稱方濟會），正式成立。修士們過著貧窮的生活，祈禱，宣講福音，托砵維生。他立下的會規，使度福音勸諭生活的人，受益良多。1212年，聖人又協助聖嘉勒成立了修女會。1221年，又成立教友團體，使在俗的跟隨者獲益。
聖人曾遠赴埃及，為向回教徒宣講基督。他得到蘇丹王Malik al-Kamil的禮遇，因為蘇丹以聖方濟為真正的聖人。聖人回到歐洲，見會士激增，出現越軌危機，遂免為其難，重寫會規；這會規於1223年，得教宗何諾略三世（1216-1227）批准。然後聖人便退隱，不問會務。
1223年聖誕節，聖人搭建馬槽，以紀念聖子降生，開聖誕節搭建馬槽的先河。1224年，聖人得印耶穌五傷。1226年10月3日，聖人安逝。
聖人以徹底神貧和謙遜的精神，革新了教會生活。他酷愛和平及歌頌大自然的榜樣，使人更能以純樸的心親近天主，並以和平的精神待人。他所寫的《太陽歌》，更是膾炙人口。他以簡樸的生活和熱烈的愛火，振興教會及其福傳工作。